反渗透进水，可以使用Na+离子置换和除去水中结垢阳离子，如Ca2+、Ba2+和Sr2+。交换饱和后的离子交换树脂用NaCl 再生，这一过程称为原水软化处理。在这种处理过程中，进水pH不会改变。

因此，不需要采取脱气操作，但原水中的溶解气体CO2能透过膜进入产品侧，引起电导率的增加，操作者仍可以在软化后的水中加入一定量NaOH（直到pH8.2）以便将水中残留CO2转化成重碳酸根，重碳酸根能被膜所脱除，使反渗透产水电导率降低，工业反渗透膜的脱盐率在中性pH范围内较高。

选用离子交换树脂Ca2+、Ba2+和Sr2+的脱除效率大于99.5%，可消除各种碳酸盐或硫酸盐垢的危险。如果及时进行再生的话，采用强酸阳离子交换树指进行软化是非常有效和保险的阻垢方法，但主要用于中小型苦咸水系统中，而海水淡化中不会使用软化法。这一过程的主要缺点是相当高的NaCl消耗，存在环境问题，也不经济。