苦咸水处理系统的制约因素主要是化学性质，即碳酸钙或硫酸钙等化合物的结垢和沉积，因进水不断被浓缩，当超过其溶度积时，会在膜面上发生沉淀或结垢；

潜在的微生物污染又是另一个影响因素，工业或市政废水处理系统存在大量有机物、无机物、病毒与细菌等微生物和藻类，这样其制约因素不仅仅是物理与化学因素，还有微生物指数，即与膜有亲和反应的有机碳或生物可降解的溶解性有机碳或潜在的磷酸盐垢。

苦咸水组成示例：

由于苦咸水进水水质波动范围很大，第一步必须了解水质特性，在进行反渗透或纳滤系统设计计算之前，必须掌握完整而准确的水质分析报告，需要提供如表所列的完整的水质参数表，而且阴阳离子要平衡，如果阴阳离子不平衡，建议通过添加Na+ 或Cl- 进行平衡。

Ba2+和Sr2+必须分别检测到1μg/L（ppb）和1mg/L（ppm）数量级，同时还要考虑到温度在一定范围内变化的可能，因为温度变化也会引起系统出现结垢的危险，特别是在原水中硅和碳酸氢根含量较高时更应注意这一点。